离子对试剂是由强亲水离子形成，反作用于样品分子的中性离子对。因此，可用于同时分离带电分子和非带电分子。一般可适用所有色谱固定相。当使用长链的离子对试剂时，如：十六烷基硫酸铵或十二烷基硫酸钠，色谱柱将选用反相色谱柱。离子对试剂的适用浓度短链离子对试剂：5×10-3mol/L 长链离子对试剂：5×10-4mol/L。

离子对试剂是高效液相色谱专用试剂，主要分析测试有机碱类离子化合物，代替离子交换法，具有可靠的分离效果。也可用于分析多肽和蛋白质，是制备抗静电聚脂纤维的中间体。

尽管离子交换色谱已经成为常见的分离模式，它并非在所有情况下都起作用。较离子交换色谱，离子对色谱的优点在于：缓冲液制备简单；碳链长度选择众多；可用于增加保留时间、改善分离性质；显著缩短分离时间；同时分离离子化和非离子化分析物；分析结果重现性极好；改善峰形。